1 · 光學顯微鏡和倒置顯微鏡
（1） 未染色細胞：凋亡細胞的體積變小、變形，細胞膜無缺但呈現發泡現象，細胞凋亡晚期可見凋亡小體。貼壁細胞呈現舒展、變圓、墜落。
（2） 染色細胞：常用姬姆薩染色、瑞氏染色等。凋亡細胞的染色質濃縮、邊緣化，核膜裂解、染色質切割成塊狀和凋亡小體等典型的凋亡形狀。
2 · 熒光顯微鏡和共集合激光掃描顯微鏡
一般以細胞核染色質的形狀學改動為目標來評判細胞凋亡的發展情況。
Hoechst是與DNA特異結合的活性染料，貯存液用蒸餾水配成1mg/ml的濃度，運用時用PBS稀釋成終濃度為2~5mg/ml。
DAPI為半通透性，用于慣例固定細胞的染色。貯存液用蒸餾水配成1mg/ml的濃度，運用終濃度一般為0.5 ~1mg/ml。
效果評判：細胞凋亡過程中細胞核染色質的形狀學改動分為三期：Ⅰ期的細胞核呈波紋狀（rippled）或呈折縫樣（creased），部分染色質呈現濃縮情況；Ⅱa期細胞核的染色質高度凝集、邊緣化；Ⅱb期的細胞核裂解為碎塊，發作凋亡小體)。
3 · 透射電子顯微鏡觀察
細胞效果評判：凋亡細胞體積變小，細胞質濃縮。凋亡Ⅰ期（pro-apoptosis nuclei）的細胞核內染色質高度環繞，呈現許多稱為氣穴現象（cavitations）的空泡結構(圖2)；Ⅱa期細胞核的染色質高度凝集、邊緣化；細胞凋亡的晚期，細胞核裂解為碎塊，發作凋亡小體。
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